新疆地处北温带大陆性干旱气候区，气候变化较大，倒春寒时有发生，是引起棉花烂根、烂种的重要气候因素之一，因此选择适宜的播期、采用药剂防治和加强栽培管理等综合措施是有效防治该病的重要手段。

1.选用良种 适期播种

根据农业气候条件，选择适期播种，提高播种质量，有利于促使棉苗迅速出土，生长健壮，增强抗病能力。

2.轮作倒茬

粮棉轮作能有效减轻病害发生，有条件的地区，最好采用与水稻轮作2年~3年，能明显减轻病害的发生。

3.秋耕冬灌

棉田深翻，有利于减少土壤耕作层病原菌数量。疏松土层，冬灌棉田，可防止春灌造成土壤过湿，能使春季播种时地温迅速回升，利于出苗，增强棉苗抗病性。

4.种子处理

棉种需经硫酸脱绒，并存放于通风、干燥、阴凉的地方，以防发芽、滋生霉菌等，贮藏种子的含水量不得超过11％。播前15天~30天晒种30小时~60小时，促进种子后熟，增强种子抗逆能力。选择好的种子处理药剂，可有效防治棉花烂根、烂种病的发生。药剂处理棉种通常分为一般药剂拌种和种衣剂拌种，处理药剂多以敌克松、多菌灵等为主要成分，无论采用哪种化学药剂，都应当选择质优并取得“三证”的正规厂家或公司的产品。100公斤棉花种子用多菌灵有效成分500克，或者敌克松有效成分475克。

5.加强苗期管理

棉苗出土后，及时间苗、定苗以及中耕松土，去除弱苗、病苗，促进棉苗健壮生长，增强棉苗抗病能力。